User Manual

Plastids, commonly referred to as chloroplasts, are organelles that perform photosynthesis in algal and plant cells. Plastids retain their own DNA, distinct from that of the cell itself, because they are the descendants of cyanobacteria that evolved within the cytoplasm of heterotrophic single-celled eukaryotes. Plastid genomes vary strongly in length and composition across different species of plants and algae. The length of plastid genomes ranges from dozens to several hundreds thousnads of bp. In addition to various RNAs, ribosomal proteins, bacterial RNA polymerase, and proteins involved in the photosynthesis apparatus, plastids contain various other genes, abundant non-coding DNA, self-splicing introns, and inverted repeats. Therefore, it is of interest to examine the phylogeny of plastids across their entire genomes. The taxonomic classification of the species of origin is included for comparison.

The settings for this case study were:
Forward only / Forward and reverse: Forward and reverse
Speed/sensitivity: sensitive
Length of subsequence: 160

CrocoPhylogeny results
Quality/score filter* Distance matrix file MAX Distance matrix file MIN Neighbor Joining tree MAX Neighbor Joining tree MIN Visualize tree in iTOL MAX Visualize tree in iTOL MIN
16 Matrix_MAX_Q16 Matrix_MIN_Q16 NJ_tree_MAX_Q16 NJ_tree_MIN_Q16 iTOL visualization of NJ_tree_MAX_Q16 iTOL visualization of NJ_tree_MIN_Q16
22 Matrix_MAX_Q22 Matrix_MIN_Q22 NJ_tree_MAX_Q22 NJ_tree_MIN_Q22 iTOL visualization of NJ_tree_MAX_Q22 iTOL visualization of NJ_tree_MIN_Q22
28 Matrix_MAX_Q28 Matrix_MIN_Q28 NJ_tree_MAX_Q28 NJ_tree_MIN_Q28 iTOL visualization of NJ_tree_MAX_Q28 iTOL visualization of NJ_tree_MIN_Q28
34 Matrix_MAX_Q34 Matrix_MIN_Q34 NJ_tree_MAX_Q34 NJ_tree_MIN_Q34 iTOL visualization of NJ_tree_MAX_Q34 iTOL visualization of NJ_tree_MIN_Q34
40 Matrix_MAX_Q40 Matrix_MIN_Q40 NJ_tree_MAX_Q40 NJ_tree_MIN_Q40 iTOL visualization of NJ_tree_MAX_Q40 iTOL visualization of NJ_tree_MIN_Q40
If you experience issues while trying to visualize the trees in iTOL (e.g., iTOL server is down, link does not work, etc.), you can visualize your tree files online at T-REX or IcyTree.
* scores are calculated identically to those of BLAST+ (gap opening penalty = -5; gap extension penalty = -2; nucleic match = 1; nucleic mismatch = -3).
Higher quality/score filter indicates a higher minimal threshold for aligned subsequences to be considered when generating the average similarity score between two sequences (for details on the score filters please check our user manual).
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Representative tree
This illustration is based on the file "NJ_tree_MAX_Q40", formatted for easier visualization of the results.

Reference taxonomy for this case study
SpeciesSuperkingdomKingdomPhylumDivisionDivisionDivisionDivisionClassDivisionDivisionSubclassDivisionOrderFamilyDivision (C3/C4 photosynthesis)SubfamilyDivisionDivisionDivisionDivisionDivisionGenus
Gossypium arboreum L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsMalvalesMalvaceae Malvoideae     Gossypium
Gossypium barbadense L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsMalvalesMalvaceae Malvoideae     Gossypium
Gossypium darwinii G. WattEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsMalvalesMalvaceae Malvoideae     Gossypium
Gossypium herbaceum subsp. africanumEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsMalvalesMalvaceae Malvoideae     Gossypium
Gossypium hirsutum L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsMalvalesMalvaceae Malvoideae     Gossypium
Gossypium mustelinum Miers ex G. WattEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsMalvalesMalvaceae Malvoideae     Gossypium
Gossypium raimondii Ulbr.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsMalvalesMalvaceae Malvoideae     Gossypium
Gossypium thurberi Tod.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsMalvalesMalvaceae Malvoideae     Gossypium
Gossypium tomentosum Nutt. ex Seem.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsMalvalesMalvaceae Malvoideae     Gossypium
Theobroma cacaoEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsMalvalesMalvaceae Byttnerioideae     Theobroma
Aethionema cordifolium DC.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsBrassicalesBrassicaceae Aethionemeae     Aethionema
Aethionema grandiflorum Boiss. et Hohen.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsBrassicalesBrassicaceae Aethionemeae     Aethionema
Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsBrassicalesBrassicaceae Camelineae     Arabidopsis
Capsella bursa-pastoris (L.) Medik.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsBrassicalesBrassicaceae Camelineae     Capsella
Arabis hirsuta (L.) Scop. EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsBrassicalesBrassicaceae Arabideae     Arabis
Draba nemorosa L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsBrassicalesBrassicaceae Arabideae     Draba
Barbarea verna (Mill.) Asch.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsBrassicalesBrassicaceae Cardamineae     Barbarea
Nasturtium officinale R.Br.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsBrassicalesBrassicaceae Cardamineae     Nasturtium
Crucihimalaya wallichii Al-ShehbazEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsBrassicalesBrassicaceae Crucihimalayeae     Crucihimalaya
Lepidium virginicum L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsBrassicalesBrassicaceae Lepidieae     Lepidium
Lobularia maritima (L.) DesvauxEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsBrassicalesBrassicaceae Anastaticeae     Lobularia
Olimarabidopsis pumila Al-ShehbazEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsBrassicalesBrassicaceae Alyssopsideae     Olimarabidopsis
Carica papaya L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsBrassicalesCaricaceae       Carica
Oenothera argillicola Mack.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsMyrtalesOnagraceae OnagroideaeOnagreae    Oenothera
Oenothera biennis L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsMyrtalesOnagraceae OnagroideaeOnagreae    Oenothera
Oenothera elata KunthEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsMyrtalesOnagraceae OnagroideaeOnagreae    Oenothera
Oenothera glazioviana MicheliEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsMyrtalesOnagraceae OnagroideaeOnagreae    Oenothera
Oenothera parviflora L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsMyrtalesOnagraceae OnagroideaeOnagreae    Oenothera
Eucalyptus globulus Labill.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsMyrtalesMyrtaceae MyrtoideaeEucalypteae    Eucalyptus
Eucalyptus grandis W. HillEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsMyrtalesMyrtaceae MyrtoideaeEucalypteae    Eucalyptus
Erodium carvifolium Boiss. & Reut.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsGeranialesGeraniaceae       Erodium
Erodium texanum A. GrayEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsGeranialesGeraniaceae       Erodium
Pelargonium x hortorum L.H. BaileyEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsGeranialesGeraniaceae       Pelargonium
Geranium palmatum Cav.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsGeranialesGeraniaceae       Geranium
Monsonia speciosa L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsGeranialesGeraniaceae       Monsonia
Citrus sinensis OsbeckEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaemalvidsSapindalesRutaceae Aurantioideae     Citrus
Trifolium subterraneum L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsFabalesFabaceae Papilionoideae50 kb inversion cladeNPAAA cladeHologaleginaIRL cladeTrifolieaeTrifolium
Medicago truncatula Gaertn.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsFabalesFabaceae Papilionoideae50 kb inversion cladeNPAAA cladeHologaleginaIRL cladeTrifolieaeMedicago
Lathyrus sativus L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsFabalesFabaceae Papilionoideae50 kb inversion cladeNPAAA cladeHologaleginaIRL cladeFabeaeLathyrus
Pisum sativum L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsFabalesFabaceae Papilionoideae50 kb inversion cladeNPAAA cladeHologaleginaIRL cladeFabeaePisum
Cicer arietinum L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsFabalesFabaceae Papilionoideae50 kb inversion cladeNPAAA cladeHologaleginaIRL cladeCicereaeCicer
Lotus corniculatus L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsFabalesFabaceae Papilionoideae50 kb inversion cladeNPAAA cladeHologaleginarobinioid cladeLoteaeLotus
Glycine max Merr.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsFabalesFabaceae Papilionoideae50 kb inversion cladeNPAAA cladeindigoferoid/millettioid cladePhaseoleae Glycine
Phaseolus vulgaris L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsFabalesFabaceae Papilionoideae50 kb inversion cladeNPAAA cladeindigoferoid/millettioid cladePhaseoleae Phaseolus
Vigna radiata (L.) R. WilczekEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsFabalesFabaceae Papilionoideae50 kb inversion cladeNPAAA cladeindigoferoid/millettioid cladePhaseoleae Vigna
Millettia pinnata (L.) PanigrahiEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsFabalesFabaceae Papilionoideae50 kb inversion cladeNPAAA cladeindigoferoid/millettioid cladeMillettieae Millettia
Castanea mollissima BlumeEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsFagalesFagaceae       Castanea
Hevea brasiliensis (Willd. ex A. Juss.) M√ľll. Arg.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsMalpighialesEuphorbiaceae CrotonoideaeMicrandreae    Hevea
Manihot esculenta CrantzEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsMalpighialesEuphorbiaceae CrotonoideaeManihoteae    Manihot
Jatropha curcas L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsMalpighialesEuphorbiaceae CrotonoideaeJatropheae    Jatropha
Ricinus communis L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsMalpighialesEuphorbiaceae AcalyphoideaeAcalypheae    Ricinus
Populus alba L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsMalpighialesSalicaceae Saliceae     Populus
Populus trichocarpa Torr. et GrayEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsMalpighialesSalicaceae Saliceae     Populus
Pentactina rupicola T. NakaiEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsRosalesRosaceae AmygdaloideaeSpiraeeae    Pentactina
Prunus persica (L.) BatschEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsRosalesRosaceae AmygdaloideaeAmygdaleae    Prunus
Pyrus pyrifolia (Burm. f.) NakaiEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsRosalesRosaceae AmygdaloideaeMaleae    Pyrus
Fragaria vesca L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsRosalesRosaceae RosoideaePotentilleaeFragariinae   Fragaria
Morus indica L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsRosalesMoraceae       Morus
Cucumis melo L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsCucurbitalesCucurbitaceae Benincaseae     Cucumis
Cucumis sativus L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsCucurbitalesCucurbitaceae Benincaseae     Cucumis
Corynocarpus laevigatus J.R. Forst. & G. Forst.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidaefabidsCucurbitalesCorynocarpaceae       Corynocarpus
Vitis vinifera L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeRosidae VitalesVitaceae Viteae     Vitis
Olea europaea subsp. cuspidata (Wall. ex G. Don) Cif.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsLamialesOleaceae Oleeae     Olea
Olea europaea subsp. europaeaEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsLamialesOleaceae Oleeae     Olea
Olea europaea subsp. maroccana (Greuter & Burdet) P. VargasEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsLamialesOleaceae Oleeae     Olea
Olea woodiana Knobl.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsLamialesOleaceae Oleeae     Olea
Jasminum nudiflorum Lindl.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsLamialesOleaceae Jasmineae     Jasminum
Boea hygrometrica (Bunge) R.Br.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsLamialesGesneriaceae DidymocarpoideaeTrichosporeaeLoxocarpinae   Dorcoceras
Epifagus virginiana (L.) W.P.C.BartonEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsLamialesOrobanchaceae Orobancheae     Epifagus
Sesamum indicum L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsLamialesPedaliaceae       Sesamum
Solanum bulbocastanum DunalEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsSolanalesSolanaceae SolanoideaeSolaneae    Solanum
Solanum tuberosum L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsSolanalesSolanaceae SolanoideaeSolaneae    Solanum
Solanum lycopersicum L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsSolanalesSolanaceae SolanoideaeSolaneae    Solanum
Atropa belladonna L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsSolanalesSolanaceae Solanoideae Hyoscyameae   Atropa
Nicotiana sylvestris Speg. & S. ComesEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsSolanalesSolanaceae NicotianoideaeNicotianeae    Nicotiana
Nicotiana tabacum L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsSolanalesSolanaceae NicotianoideaeNicotianeae    Nicotiana
Nicotiana tomentosiformis Goodsp.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsSolanalesSolanaceae NicotianoideaeNicotianeae    Nicotiana
Nicotiana undulata Ruiz & Pav.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsSolanalesSolanaceae NicotianoideaeNicotianeae    Nicotiana
Cuscuta exaltata Engelm.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsSolanalesConvolvulaceae Cuscuteae     Cuscuta
Cuscuta reflexa Roxb.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsSolanalesConvolvulaceae Cuscuteae     Cuscuta
Cuscuta gronovii Willd. ex Roem. & Schult.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsSolanalesConvolvulaceae Cuscuteae     Cuscuta
Cuscuta obtusiflora KunthEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsSolanalesConvolvulaceae Cuscuteae     Cuscuta
Ipomoea purpurea (L.) RothEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsSolanalesConvolvulaceae Ipomoeeae     Ipomoea
Coffea arabica L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaelamiidsGentianalesRubiaceae IxoroideaeGardenieae complexBertiereae - Coffeeae cladeCoffeeae  Coffea
Helianthus annuus L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaecampanulidsAsteralesAsteraceae AsteroideaeHeliantheae allianceHeliantheae   Helianthus
Parthenium argentatum A. GrayEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaecampanulidsAsteralesAsteraceae AsteroideaeHeliantheae allianceHeliantheae   Parthenium
Ageratina adenophora (Spreng.) R.M. King & H. Rob.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaecampanulidsAsteralesAsteraceae AsteroideaeHeliantheae allianceEupatorieae   Ageratina
Guizotia abyssinica (L. f.) Cass.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaecampanulidsAsteralesAsteraceae AsteroideaeHeliantheae allianceMillerieae   Guizotia
Jacobaea vulgaris Gaertn.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaecampanulidsAsteralesAsteraceae AsteroideaeSenecioneaeSenecioninae   Jacobaea
Lactuca sativa L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaecampanulidsAsteralesAsteraceae CichorioideaeCichorieaeLactucinae   Lactuca
Trachelium caeruleum L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaecampanulidsAsteralesCampanulaceae       Trachelium
Anthriscus cerefolium (L.) Hoffm.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaecampanulidsApialesApiaceae ApioideaeScandiceaeScandicinae   Anthriscus
Daucus carota L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaecampanulidsApialesApiaceae ApioideaeScandiceaeDaucinae   Daucus
Petroselinum crispum (Mill.) FussEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaecampanulidsApialesApiaceae Apioideaeapioid supercladeApieae   Petroselinum
Crithmum maritimum L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaecampanulidsApialesApiaceae Apioideaeapioid supercladePyramidoptereae   Crithmum
Oxypolis greenmanii Mathias & ConstanceEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaecampanulidsApialesApiaceae ApioideaeOenantheae    Tiedemannia
Eleutherococcus senticosus (Rupr. ex Maxim.) Maxim.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaecampanulidsApialesAraliaceae       Eleutherococcus
Panax ginseng C. A. Mey.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaecampanulidsApialesAraliaceae       Panax
Hydrocotyle sp.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridaecampanulidsApialesAraliaceae       Hydrocotyle
Arbutus unedo L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeAsteridae EricalesEricaceae Arbutoideae     Arbutus
Silene conica L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeCaryophyllidaeCaryophyllanaeCaryophyllalesCaryophyllaceae Sileneae     Silene
Silene latifolia Poir.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeCaryophyllidaeCaryophyllanaeCaryophyllalesCaryophyllaceae Sileneae     Silene
Silene noctiflora L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeCaryophyllidaeCaryophyllanaeCaryophyllalesCaryophyllaceae Sileneae     Silene
Silene vulgaris (Moench) GarckeEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeCaryophyllidaeCaryophyllanaeCaryophyllalesCaryophyllaceae Sileneae     Silene
Spinacia oleracea L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeCaryophyllidaeCaryophyllanaeCaryophyllalesChenopodiaceae ChenopodioideaeAnserineae    Spinacia
Fagopyrum esculentum MoenchEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaGunneridaePentapetalaeCaryophyllidaeCaryophyllanaeCaryophyllalesPolygonaceae PolygonoideaeFagopyreae    Fagopyrum
Magnolia kwangsiensis Figlar & Noot.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsida  MagnoliidaeMagnolianaeMagnolialesMagnoliaceae       Magnolia
Liriodendron tulipifera L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsida  MagnoliidaeMagnolianaeMagnolialesMagnoliaceae       Liriodendron
Chloranthus spicatus MakinoEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsida  MagnoliidaeMagnolianaeChloranthalesChloranthaceae       Chloranthus
Calycanthus floridus L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsida  MagnoliidaeMagnolianaeLauralesCalycanthaceae       Calycanthus
Drimys granadensis L. f.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsida  MagnoliidaeMagnolianaeCanellalesWinteraceae       Drimys
Piper cenocladum DielsEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsida  MagnoliidaeMagnolianaePiperalesPiperaceae       Piper
Nelumbo lutea Willd.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaBasal eudicots MagnoliidaeProteanaeProtealesNelumbonaceae       Nelumbo
Nelumbo nucifera Gaertn.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaBasal eudicots MagnoliidaeProteanaeProtealesNelumbonaceae       Nelumbo
Platanus occidentalis L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaBasal eudicots MagnoliidaeProteanaeProtealesPlatanaceae       Platanus
Ranunculus macranthus ScheeleEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaBasal eudicots MagnoliidaeRanunculanaeRanunculalesRanunculaceae RanunculoideaeRanunculeae    Ranunculus
Megaleranthis saniculifolia OhwiEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaBasal eudicots MagnoliidaeRanunculanaeRanunculalesRanunculaceae RanunculoideaeAdonideae    Megaleranthis
Nandina domestica Thunb.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaBasal eudicots MagnoliidaeRanunculanaeRanunculalesBerberidaceae Nandinoideae     Nandina
Buxus microphylla Siebold & Zucc.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidaBasal eudicots MagnoliidaeBuxanaeBuxalesBuxaceae       Buxus
Nymphaea alba L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidabasal Magnoliophyta MagnoliidaeNymphaeanaeNymphaealesNymphaeaceae       Nymphaea
Nuphar advena AitonEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidabasal Magnoliophyta MagnoliidaeNymphaeanaeNymphaealesNymphaeaceae       Nuphar
Illicium oligandrum Merr. & ChunEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidabasal Magnoliophyta MagnoliidaeAustrobaileyanaeAustrobaileyalesSchisandraceae       Illicium
Amborella trichopoda Baill.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsidabasal Magnoliophyta MagnoliidaeAmborellanaeAmborellalesAmborellaceae       Amborella
Ceratophyllum demersum L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaMagnoliopsida  MagnoliidaeCeratophyllanaeCeratophyllalesCeratophyllaceae       Ceratophyllum
Oryza nivara Sharma & ShastryEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeOryzoideaeOryzeaeOryzinae   Oryza
Oryza sativa indicaEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeOryzoideaeOryzeaeOryzinae   Oryza
Oryza sativa japonicaEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeOryzoideaeOryzeaeOryzinae   Oryza
Oryza australiensis DominEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeOryzoideaeOryzeaeOryzinae   Oryza
Oryza meridionalis N.Q. NgEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeOryzoideaeOryzeaeOryzinae   Oryza
Oryza rufipogon (Vietnam)EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeOryzoideaeOryzeaeOryzinae   Oryza
Oryza rufipogon (Australia)EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeOryzoideaeOryzeaeOryzinae   Oryza
Leersia tisserantii (A. Chev.) LaunertEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeOryzoideaeOryzeaeOryzinae   Leersia
Rhynchoryza subulata (Nees) Baill.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeOryzoideaeOryzeaeZizaniinae   Rhynchoryza
Potamophila parviflora R. Br.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeOryzoideaeOryzeaeZizaniinae   Potamophila
Microlaena stipoides (Labill.) R. Br.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeOryzoideaeEhrharteae    Microlaena
Phyllostachys edulis (Carrie`re) J. HouzeauEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeBambusoideaeArundinarodaeArundinarieaeArundinariinae  Phyllostachys
Phyllostachys nigra var. henonis (Mitford) Stapf ex RendleEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeBambusoideaeArundinarodaeArundinarieaeArundinariinae  Phyllostachys
Phyllostachys propinqua McClureEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeBambusoideaeArundinarodaeArundinarieaeArundinariinae  Phyllostachys
Indocalamus longiauritus Hand.-Mazz.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeBambusoideaeArundinarodaeArundinarieaeArundinariinae  Indocalamus
Ferrocalamus rimosivaginus T.H. WenEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeBambusoideaeArundinarodaeArundinarieaeArundinariinae  Ferrocalamus
Acidosasa purpurea (J.R.Xue & T.P.Yi) Keng f.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeBambusoideaeArundinarodaeArundinarieaeArundinariinae  Acidosasa
Bambusa emeiensis L.C. Chia & H.L. FungEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeBambusoideaeBambusodaeBambuseaeBambusinae  Bambusa
Bambusa oldhamii MunroEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeBambusoideaeBambusodaeBambuseaeBambusinae  Bambusa
Dendrocalamus latiflorus MunroEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladeBambusoideaeBambusodaeBambuseaeBambusinae  Dendrocalamus
Festuca arundinacea Schreb.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladePooideaePoodaePoeaePoeae Chloroplast Group 2 (Poeae type)Loliinae Festuca
Lolium perenne L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladePooideaePoodaePoeaePoeae Chloroplast Group 2 (Poeae type)Loliinae Lolium
Agrostis stolonifera L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladePooideaePoodaePoeaePoeae Chloroplast Group 1 (Aveneae type)Agrostidinae Agrostis
Triticum aestivum L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladePooideaeTriticodaeTriticeaeTriticinae  Triticum
Hordeum vulgare L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladePooideaeTriticodaeTriticeaeHordeinae  Hordeum
Brachypodium distachyon (L.) P. Beauv.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaeBOP cladePooideaeBrachypodieae    Brachypodium
Saccharum officinarum L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaePACMAD cladePanicoideaeAndropogonodaeAndropogoneaeSaccharinae  Saccharum
Sorghum bicolor (L.) MoenchEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaePACMAD cladePanicoideaeAndropogonodaeAndropogoneaeSorghinae  Sorghum
Zea mays L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaePACMAD cladePanicoideaeAndropogonodaeAndropogoneaeTripsacinae  Zea
Coix lacryma-jobi L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaePACMAD cladePanicoideaeAndropogonodaeAndropogoneaeCoicinae  Coix
Panicum virgatum L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceaePACMAD cladePanicoideaePanicodaePaniceaePanicinae  Panicum
Anomochloa marantoidea Brongn.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoalesPoaceae AnomochlooideaeAnomochloeae    Anomochloa
Typha latifolia L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaePoales/TyphalesTyphaceae       Typha
Neottia nidus-avis (L.) Rich.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaeAsparagalesOrchidaceae EpidendroideaeNeottieae    Neottia
Oncidium sp.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaeAsparagalesOrchidaceae EpidendroideaeCymbidieaeOncidiinae   Oncidium
Phalaenopsis aphrodite Rchb. f.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaeAsparagalesOrchidaceae EpidendroideaeVandeaeAeridinae   Phalaenopsis
Rhizanthella gardneri R.S. RogersEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaeAsparagalesOrchidaceae OrchidoideaeDiurideaeRhizanthellinae   Rhizanthella
Lemna minor L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaeAlismatalesAraceae Lemnoideae     Lemna
Spirodela polyrhiza (L.) Schleid.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaeAlismatalesAraceae Lemnoideae     Spirodela
Wolffia australiana (Benth.) Hartog & PlasEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaeAlismatalesAraceae Lemnoideae     Wolffia
Wolffiella lingulata (Hegelm.) Hegelm.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaeAlismatalesAraceae Lemnoideae     Wolffiella
Colocasia esculenta (L.) SchottEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaeAlismatalesAraceae AroideaeColocasieae    Colocasia
Acorus americanus (Raf.) Raf.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaeAcoralesAcoraceae       Acorus
Acorus calamus L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaeAcoralesAcoraceae       Acorus
Phoenix dactylifera L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaeArecalesArecaceae CoryphoideaePhoeniceae    Phoenix
Dioscorea elephantipes (L'He ŐĀr.) Engl.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaMagnoliophytaLiliopsida/Magnoliopsida    LilianaeDioscorealesDioscoreaceae       Dioscorea
Pinus attenuata LemmonEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus banksiana Lamb.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus canariensis C. Smith in BuchEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus contorta Douglas ex LoudonEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus leiophylla var chihuahuana (Engelm.) ShawEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus merkusii Jungh. & de VrieseEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus pinaster AitonEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus ponderosa P. Lawson & C. LawsonEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus resinosa AitonEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus taeda L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus thunbergii Parl.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus torreyana subsp insularis J.R. HallerEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus torreyana subsp torreyana Parry ex Carri√®reEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus albicaulis Engelm.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus aristata Engelm.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus armandii Franch.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus ayacahuite C. Ehrenb. ex Schltdl.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus cembra L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus flexilis E. JamesEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus gerardiana Wall. ex D. DonEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus koraiensis Siebold & Zucc.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus krempfii LecomteEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus lambertiana DouglasEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus monophylla Torr. & Fr√©m.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus monticola Douglas ex D. DonEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus nelsonii ShawEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus parviflora var pentaphylla (Mayr) HenryEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus peuce Griseb.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus rzedowskii Madrigal & Caball. Del.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus sibirica Du TourEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus squamata X.W. LiEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Pinus strobus L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pinus
Larix decidua Mill.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Larix
Larix occidentalis Nutt.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Larix
Picea morrisonicola HayataEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Picea
Picea sitchensis (Bong.) Carri√®reEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Picea
Abies firma Siebold & Zucc.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Abies
Cathaya argyrophylla Chun & KuangEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Cathaya
Cedrus deodara (Roxb. ex D. Don) G. DonEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Cedrus
Keteleeria davidiana (Bertrand) Beissn.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Keteleeria
Pseudotsuga sinensis DodeEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae PinalesPinaceae       Pseudotsuga
Cryptomeria japonica (Thunb. ex L. f.) D. DonEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae CupressalesCupressaceae       Cryptomeria
Taiwania cryptomerioides HayataEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae CupressalesCupressaceae       Taiwania
Cephalotaxus wilsoniana HayataEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaConiferophytaConiferopsida  Pinidae CupressalesTaxaceae       Cephalotaxus
Ephedra equisetina BungeEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaGnetophytaGnetopsida  Gnetidae EphedralesEphedraceae       Ephedra
Gnetum parvifolium (Warb.) W.C. ChengEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaGnetophytaGnetopsida  Gnetidae GnetalesGnetaceae       Gnetum
Welwitschia mirabilis Hook. f.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaGnetophytaGnetopsida  Gnetidae WelwitschialesWelwitschiaceae       Welwitschia
Cycas taitungensisEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaSpermatophytaCycadophytaCycadopsida  Cycadidae CycadalesCycadaceae       Cycas
Cheilanthes lindheimeri Hook.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaPolypodiophyta Polypodiopsida  Polypodiidae PolypodialesPteridaceae Cheilanthoideae     Myriopteris
Adiantum capillus-veneris L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaPolypodiophyta Polypodiopsida  Polypodiidae PolypodialesPteridaceae Vittarioideae     Adiantum
Pteridium aquilinum (L.) KuhnEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaPolypodiophyta Polypodiopsida  Polypodiidae PolypodialesDennstaedtiaceae       Pteridium
Alsophila spinulosa (Wall. ex Hook.) R.M. TryonEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaPolypodiophyta Polypodiopsida  Polypodiidae CyathealesCyatheaceae       Alsophila
Angiopteris evecta (G. Forst.) Hoffm.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaPolypodiophyta Polypodiopsida  Marattiidae MarattialesMarattiaceae       Angiopteris
Equisetum arvense L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaPolypodiophyta Polypodiopsida  Equisetidae EquisetalesEquisetaceae       Equisetum
Psilotum nudum (L.) P. Beauv.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaPolypodiophyta Polypodiopsida  Ophioglossidae PsilotalesPsilotaceae       Psilotum
Selaginella moellendorffii Hieron.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaLycopodiophyta Lycopodiopsida  Lycopodiidae SelaginellalesSelaginellaceae       Selaginella
Selaginella uncinata (Desv. ex Poir.) SpringEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaLycopodiophyta Lycopodiopsida  Lycopodiidae SelaginellalesSelaginellaceae       Selaginella
Huperzia lucidula (Michx.) Trevis.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaLycopodiophyta Lycopodiopsida  Lycopodiidae LycopodialesLycopodiaceae Huperzioideae     Huperzia
Isoetes flaccida A. BraunEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaTracheophytaLycopodiophyta Lycopodiopsida  Lycopodiidae IsoetalesIsoetaceae       Isoetes
Ptilidium pulcherrimum (Weber) HampeEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaMarchantiophytaMarchantiophyta Jungermanniopsida  Jungermanniidae PtilidialesPtilidiaceae       Ptilidium
Aneura mirabilis Malmb.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaMarchantiophytaMarchantiophyta Jungermanniopsida  Metzgeriidae MetzgerialesAneuraceae       Aneura
Marchantia polymorpha L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaMarchantiophytaMarchantiophyta Marchantiopsida  Marchantiidae MarchantialesMarchantiaceae       Marchantia
Physcomitrella patens (Hedw.) Bruch & Schimp.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaBryophyta BryophytinaBryopsida  Funariidae FunarialesFunariaceae       Physcomitrella
Syntrichia ruralis (Hedw.) F. Weber & D. MohrEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaBryophyta BryophytinaBryopsida  Dicranidae PottialesPottiaceae       Syntrichia
Anthoceros formosae StephaniEukaryotaViridiplantaeStreptophytaEmbryophytaAnthocerotophyta  Anthocerotopsida  Anthocerotidae AnthocerotalesAnthocerotaceae       Anthoceros
Zygnema circumcarinatum CzurdaEukaryotaViridiplantaeStreptophytaCharophyta  (algae)Zygnemophyceae    ZygnematalesZygnemataceae       Zygnema
Staurastrum punctulatum Br√©bissonEukaryotaViridiplantaeStreptophytaCharophyta  (algae)Zygnemophyceae    DesmidialesDesmidiaceae       Staurastrum
Chara vulgaris L.EukaryotaViridiplantaeStreptophytaCharophyta  (algae)Charophyceae    CharalesCharaceae       Chara
Chlorokybus atmophyticus GeitlerEukaryotaViridiplantaeStreptophytaCharophyta  (algae)Chlorokybophyceae    ChlorokybalesChlorokybaceae       Chlorokybus
Chaetosphaeridium globosum (Nordstedt) KlebahnEukaryotaViridiplantaeStreptophytaCharophyta  (algae)Coleochaetophyceae    ColeochaetalesChaetosphaeridiaceae       Chaetosphaeridium
Mesostigma viride LauterbornEukaryotaViridiplantaeStreptophytaCharophyta  (algae)Mesostigmatophyceae    MesostigmatalesMesostigmataceae       Mesostigma
Floydiella terrestris (R.D.Groover & A.M.Hofstetter) Friedl & O'KellyEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Chlorophyceae    ChaetopeltidalesChaetopeltidaceae       Floydiella
Stigeoclonium helveticum VischerEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Chlorophyceae    ChaetophoralesChaetophorales incertae sedis       Stigeoclonium
Schizomeris leibleinii K√ľtzingEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Chlorophyceae    ChaetophoralesSchizomeridaceae       Schizomeris
Chlamydomonas reinhardtii P.A. Dangeard EukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Chlorophyceae    ChlamydomonadalesChlamydomonadaceae       Chlamydomonas
Dunaliella salina TeodorescoEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Chlorophyceae    ChlamydomonadalesDunaliellaceae       Dunaliella
Oedogonium cardiacum (Hassall) K√ľtzingEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Chlorophyceae    OedogonialesOedogoniaceae       Oedogonium
Scenedesmus obliquus (Turpin) K√ľtzingEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Chlorophyceae    SphaeroplealesScenedesmaceae       Tetradesmus
Chlorella variabilis Shihira & R.W.KraussEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Trebouxiophyceae    ChlorellalesChlorellaceae       Chlorella
Chlorella vulgaris Beyerinck [Beijerinck]EukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Trebouxiophyceae    ChlorellalesChlorellaceae       Chlorella
Helicosporidium sp.EukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Trebouxiophyceae    ChlorellalesChlorellaceae       Helicosporidium
Oocystis solitaria WittrockEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Trebouxiophyceae    ChlorellalesOocystaceae Eremosphaeroideae     Neglectella
Parachlorella kessleri (Fott & Nov√°kov√°) Krienitz, E.H.Hegewald, Hepperle, V.Huss, T.Rohr & M.WolfEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Trebouxiophyceae    ChlorellalesChlorellales incertae sedis       Parachlorella
Coccomyxa sp.EukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Trebouxiophyceae/Chlorophyceae    ChlamydomonalesCoccomyxaceae/Trebouxiophyceae incertae sedis       Coccomyxa
Leptosira terrestris (F.E.Fritsch & R.P.John) PrintzEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Trebouxiophyceae    TrebouxialesTrebouxiaceae incertae sedis       Leptosira
Bryopsis hypnoides LamourouxEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Ulvophyceae    BryopsidalesBryopsidaceae       Bryopsis
Oltmannsiellopsis viridis (P.E.Hargraves & R.L.Steele) M.Chihara & I.InouyeEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Ulvophyceae    Ulvophyceae incertae sedisOltmannsiellopsidaceae       Oltmannsiellopsis
Pseudendoclonium akinetum TupaEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Ulvophyceae    UlotrichalesUlotrichales incertae sedis       Tupiella
Pedinomonas minor KorshikovEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Chlorophytina  Pedinophyceae    PedinomonadalesPedinomonadaceae       Pedinomonas
Micromonas pusilla (Butcher) I.Manton & M.ParkeEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Prasinophyta  Mamiellophyceae    MamiellalesMamiellaceae       Micromonas
Micromonas sp.EukaryotaViridiplantaeChlorophyta Prasinophyta  Mamiellophyceae    MamiellalesMamiellaceae       Micromonas
Ostreococcus tauri C.Courties & M.-J.Chr√©tiennot-DinetEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Prasinophyta  Mamiellophyceae    MamiellalesBathycoccaceae       Ostreococcus
Monomastix sp.EukaryotaViridiplantaeChlorophyta Prasinophyta  Mamiellophyceae    MonomastigalesMonomastigaceae       Monomastix
Pycnococcus provasolii R.R.L.GuillardEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Prasinophyta  Pycnococcaceae    PseudoscourfieldialesPycnococcaceae       Pycnococcus
Pyramimonas parkeae R.E.Norris & B.R.PearsonEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Prasinophyta  Pyramimonadophyceae    PyramimonadalesPyramimonadaceae       Pyramimonas
Nephroselmis olivacea F.SteinEukaryotaViridiplantaeChlorophyta Prasinophyta  Nephroselmidophyceae    NephroselmidalesNephroselmidaceae       Nephroselmis
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